Kauno rajone sėkmingai plėtojamas vandens turizmas. Nuo laivo denio galima pasigrožėti nuostabiais gamtovaizdžiais ir miestelių architektūra. Laivais galima pasiekti tarpukariu klestėjusius kurortus - Kulautuvą ir Kačerginę. Taip pat Zapyškį, Vilkiją, Raudondvario dvaro sodybą ir Kadagių slėnį.
Pakaunėje yra vienintelis per Nemuno upę keliantis keltas Lietuvoje - „Vilkynė“. Tai upinis motorinis keltas tarp Vilkijos (Kauno r.) ir Pavilkijo (Šakių r.).
